Wenngleich Holz und Lehm aufgrund ihrer Verfügbarkeit, vergleichbar günstigen Kosten und ihrer Eigenschaften häufig im Vordergrund stehen, darf die Bedeutung von Stein als Baumaterial in historischen Fachwerkhäusern nicht übersehen werden. Stein diente in vielfältiger Weise als tragendes Element, zur Wärmedämmung und zur Gestaltung der Gebäude. Darüber hinaus wurden Natur- und Ziegelsteine häufig in Gebäudebereichen verwendet, die einer hohen Feuchtebelastungen (Mühlen etc.) oder Brandgefährdungen (Schmieden, Schwarzküchen) ausgesetzt waren.
In vielen historischen Fachwerkhäusern wurde Stein als Fundament eingesetzt. Ein solider Sockel diente dazu, die Holzschwellen vor Feuchtigkeit zu schützen. Die Verwendung von Stein für das Fundament war von entscheidender Bedeutung, um die Langlebigkeit und Stabilität der Fachwerkhäuser zu gewährleisten.
Neben der Verwendung für das Fundament diente Stein auch als wichtiger Bestandteil der Füllung der Fachwerkgefache. Dabei wurden verschiedene Arten von Stein verwendet, abhängig von der Region und den verfügbaren Ressourcen. Bruchstein, Feldstein und Ziegel waren gebräuchliche Materialien für die Gefache von Fachwerkhäusern. Sie wurden häufig in Kombination mit Lehm oder Kalkmörtel eingesetzt, um eine lückenlose Füllung der Gefache zu gewährleisten.
Die Verwendung von Stein in historischen Fachwerkhäusern war nicht nur auf funktionale Aspekte beschränkt. Auch in der ästhetischen Gestaltung der Gebäude spielte Stein eine wichtige Rolle. So wurden beispielsweise Natursteinsockel oder Schmuckelemente aus Stein eingesetzt, um die Fassaden zu verzieren. In einigen Regionen waren auch Kombinationen aus Fachwerk und massivem Mauerwerk aus Stein üblich.
Im Laufe der Zeit wurden unterschiedliche Techniken entwickelt, um Stein in Fachwerkhäusern optimal einzusetzen. Dazu gehören beispielsweise das Versetzen von Bruchsteinen in Kalkmörtel, die Verwendung von sogenannten “Kratzputzen” zur dekorativen Gestaltung der Fassade oder die Errichtung von massiven Mauern aus Stein zur Abstützung der Fachwerkfassade.